Az Európa Központot 1996-ban alapította a Pécsi Tudományegyetem (PTE) Szenátusa rektor-közvetlen szervezeti egységként, intézeti jogállással. 1998-tól – Magyarország Európai Unióhoz való csatlakozási tárgyalásainak megkezdése idején – az országban több hasonló, közösségi költségvetésből pályázatok útján finanszírozott központ kezdhette meg tevékenységét, főként az Európai Unióval összefüggő tanfolyamok, képzések szervezése céljából. A pécsi egyetemi integráció szervezeti változtatásai során az Európa Központ 2000-ben az Állam- és Jogtudományi Kar (ÁJK) szervezeti egységévé vált, és azóta is ekként működik.
A PTE ÁJK Európa Központ rendeltetése, hogy európai uniós témakörök kapcsán konferenciákat, kerekasztal-beszélgetéseket, rövid továbbképzéseket, tudományos előadássorozatokat, nyári egyetemeket szervezzen, valamint tudományos kutatómunkát és publikációs tevékenységet végezzen. A Központ rendszeresen vesz részt európai uniós és hazai pályázati projektekben. A Központ kiterjedt szakmai hálózattal rendelkezik: mind az elméleti jogtudomány, mind a joggyakorlat terén kiváló kapcsolatokat tart fenn partnereivel. A Központ adja ki a Pécs Journal of International and European Law elnevezésű angol nyelvű elektronikus szakfolyóiratot, valamint (a Publikon Kiadóval együttműködésben) a Studia Europaea c. könyvsorozatot.
Az Európa Központ tagja a European Migration Network Hungary hálózatnak. Az EMH célja, hogy a migrációval és a menekültüggyel kapcsolatos naprakész, objektív, megbízható és összehasonlítható információk nyújtásával támogassa a politikai-meghatározást az Európai Unióban. Emellett a nyilvánosság számára is tájékoztatást nyújt e területekre vonatkozóan.